Simple, con sp_purge_jobhistory se puede hacer, basta pasar una combinacion de parametros y listo.
sp_purge_jobhistory @job_name or [ @job_id , @oldest_date
Donde podemos especificar, el job_name o el job_id y/o la fecha a partir de la cual conservar los logs.
El job_id sale de la tabla msdb.dbo.sysjobs donde es el identificador de registro.
En caso de indicar @oldest_date se elimina todo lo anterior a esta fecha, si no se indica, se borra todo el historial del Job.
Ejemplos:
Para borrar todo el historial de un Job
USE msdb ; GO EXEC dbo.sp_purge_jobhistory @job_name = N'Test job' ;
Para borrar todo el historial de un Job hasta una fecha
USE msdb ; GO EXEC dbo.sp_purge_jobhistory @job_name = N'Test job' , @oldest_date = '2013-01-01'
Para borrar todo el historial de todos los Jobs
EXEC dbo.sp_purge_jobhistory
Basado en la nota de Amish Shah